Предлагаю несколько вариантов конвертирования FLAC в MP3.

Выполнял на домашнем десктопе 11.04 (Natty) и использовал пакеты flac, lame.

Тоже самое возможно проделать и в Debian

Ставим пакеты недостающие пакеты:

1. Вариант самый простой весь файл flac в один файл mp3

Пишем небольшой скрипт и помещаем в папку с flac-файлами

#!/bin/sh
for flac in *.flac;
do
mpeg=`echo $flac | cut -f1 -d.`.mp3
flac -d -c "$flac" | lame --cbr -b 320 - "$mpeg"
done

Делаем выполняемым и запускаем: $ touch flac_to_mp3.sh
$ chmod +x flac_to_mp3.sh
$ ./flac_to_mp3.sh

flac 1.2.1, Copyright (C) 2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007 Josh Coalson
flac comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. This is free software, and you are
welcome to redistribute it under certain conditions. Type `flac' for details.
Кочегарка.flac: 6% complete